El régimen de Marcos ha continuado la práctica de su predecesor Rodrigo Duterte de acosar a las organizaciones no gubernamentales (ONG) dedicadas a la respuesta a catástrofes y a la defensa de los derechos humanos. Los esbirros del régimen han estado señalando a los trabajadores de estas ONG, acusándoles de vínculos con el Partido Comunista de Filipinas y el Nuevo Ejército del Pueblo, deteniéndoles ilegalmente y congelando sus cuentas bancarias.

Estas acciones represivas llaman la atención de instituciones extranjeras que han estado apoyando el trabajo de estas ONG para llevar ayuda y asistencia a los sectores pobres de la población filipina.

Desde hace tres años, los militares han estado etiquetando en rojo y amenazando al Centro de Leyte para el Desarrollo (LCDe). Recientemente, el Consejo contra el Blanqueo de Dinero (AMLC) ordenó a los bancos que congelaran las cuentas de su directora, Jazmin Aguisanda Jerusalem, de sus familiares, de los trabajadores del LCDe e incluso de las empresas que vendían artículos de socorro.

La embajada alemana en Manila ha estado apoyando a los agricultores pobres de Samar mediante proyectos de desarrollo a pequeña escala, incluido un molino arrocero en Samar Occidental construido en cooperación con la LCDe. El embajador Andreas Pfaffernoschke visitó el molino, se reunió con los agricultores beneficiarios y con funcionarios del gobierno local, y se alegró de conocer el impacto positivo del molino arrocero.

La embajada declaró a través de los medios de comunicación que "la reciente congelación de las cuentas de la LCDe por parte de la ALMC, incluidas las cuentas privadas de la fundadora de la ONG, la Sra. Jazmin Jerusalem y su familia, van en detrimento de nuestros esfuerzos por mejorar las condiciones de vida de los beneficiarios en las regiones pobres y marginadas de Samar y Leyte. Esperamos la rápida revisión de la congelación para permitir que la ONG continúe su labor."

En otro caso, en mayo de 2024, la judicatura del régimen lanzó una salva de acusaciones graves e infundadas contra las organizaciones que defienden los derechos humanos de las comunidades campesinas. Cinco activistas de Paghida-et sa Kauswagan (NCO) y un empleado de la ONG belga Quinoa asbl están acusados de financiar el terrorismo.

La viuda del presidente asesinado del PDG, el abogado Ben Ramos, Clarissa Ramos, está ahora refugiada en Bélgica y es empleada de la ONG belga Quinoa asbl. El gobierno filipino la acusa de financiar el terrorismo. Según Hélène Debaisieux, coordinadora de Quinoa asbl: "Las acusaciones contra nuestra colega son infundadas. Está claro que este ataque contra Clarissa y los demás miembros de PDG no es un hecho aislado. Forma parte de una campaña en curso para silenciar y atacar a defensores de los derechos humanos, cooperantes, trabajadores de los medios de comunicación y otras voces críticas en Filipinas."

El 27 de mayo, representantes de ONG organizaron una concentración y entregaron una carta al embajador filipino en Bruselas. Piden que se ponga fin a la persecución infundada de los defensores de los derechos humanos.