El fiscal de la Corte Penal Internacional Karim Khan solicitó el 24 de junio a la Sala de Cuestiones Preliminares de la CPI que permitiera a su oficina reanudar su investigación sobre crímenes de lesa humanidad y crímenes de guerra en Filipinas, a pesar de la solicitud de aplazamiento del gobierno de Duterte. En su solicitud de 53 páginas, el fiscal de la CPI Khan declaró que el gobierno de Manila no ha demostrado que "haya investigado o esté investigando" crímenes de la competencia de la CPI.

Khan solicitó a la Sala I de Cuestiones Preliminares de la CPI que autorizara la reanudación de las investigaciones sobre Filipinas, "a pesar de la solicitud de aplazamiento" del gobierno de Duterte, y que la Corte recibiera nuevas alegaciones de las víctimas o sus representantes "según un calendario expeditivo."

La Sala de Cuestiones Preliminares de la CPI autorizó al fiscal de la CPI a iniciar una investigación formal en septiembre de 2021, que abarcará el periodo comprendido entre el 1 de julio de 2016, cuando Duterte asumió la presidencia, y el 16 de marzo de 2019, cuando Filipinas se retiró del Estatuto de Roma. La investigación también abarcará el tiempo en que Duterte fue alcalde y vicealcalde de la ciudad de Davao desde que la República de Filipinas pasó a formar parte de la CPI el 1 de noviembre de 2011.

Sin embargo, el fiscal de la CPI suspendió su investigación en noviembre de 2021 después de que el gobierno de Manila presentara una solicitud de aplazamiento a la Corte.

Khan declaró que "la mera preparación o voluntad de investigar o enjuiciar no es suficiente" para justificar el cese de las investigaciones. Rechazó la lista de 52 casos presentada por el Departamento de Justicia de Manila por considerarla meramente "administrativa" y de "revisión de escritorio" de un pequeño número de casos, y no constituye una actividad de investigación. "Esto no puede justificar el aplazamiento de la investigación de la CPI", dijo.

El fiscal de la CPI también citó el informe de la Comisión Filipina de Derechos Humanos sobre los asesinatos relacionados con el narcotráfico cometidos entre 2016 y 2021, en el que se concluía que el gobierno de Manila "no ha cumplido con su obligación de respetar y proteger los derechos humanos de todos los ciudadanos" y "ha fomentado una cultura de impunidad que protege a los autores de rendir cuentas."

Dijo que los grupos que representan a las víctimas y las organizaciones de derechos humanos apoyan la reanudación de la investigación del Tribunal. "Sin esa investigación, la Fiscalía sostiene que existe un riesgo real de que los crímenes del Estatuto de Roma cometidos en Filipinas queden sin investigar y sin castigo", dijo Khan.

Cuando se reanude la investigación de la CPI, el proceso se retomará donde se dejó, es decir, buscando pruebas para emitir órdenes de detención.